Il santuario, secondo la leggenda, è stato eretto dagli abitanti di Pereto e Rocca di Botte nell'anno 608 d.C. nel luogo in cui la statua lignea della Madonna fu trasportata da Siviglia, in Spagna. A Siviglia in quel periodo, nel VII secolo, la Madonna era molto venerata e per essere salvata dalle distruzioni dei saraceni fu trasportata risalendo il mare adriatico fino a Francavilla al Mare.

All'interno del santuario sono conservati gli affreschi, molti dei quali realizzati nella seconda metà del Quattrocento, dagli artisti Jacopo di Arsoli, Desiderio da Subiaco e Petrus. Rappresentano la crocifissione, la discesa dello Spirito Santo e la resurrezione, la sepoltura di Gesù, Daniele profeta, San Gioacchino, la Madonna col Bambino e Santa Elisabetta. Nella parete attigua alla sagrestia sono presenti gli affreschi dell'annunciazione, del presepio, dell'adorazione dei magi e della visitazione.

Nella cappella che si trova nel nucleo originario della chiesa, restaurata nel 1488, sono presenti le opere con due Madonne con il Bambino, in mezzo a quattro Angeli, la presentazione al tempio e raffigurazioni dell'arrivo di Fausto da Siviglia al monte e il suo incontro con il figlio Procopio. Gli affreschi tardo-quattrocenteschi raffigurano alcune scene paradisiache ed infernali del giudizio universale.