Fu costruita tra il 1540 e il 1543 per volere del papa Paolo III e ha rappresentato, fino al 1860, il simbolo del potere pontificio sull'antica città. La costruzione, progettata da Alessandro Tomassoni da Terni e Antonio da Sangallo il Giovane, venne realizzata su quelle che erano le case dei Baglioni, in seguito alla loro rivolta contro il papa, ed occupava ampia parte del versante sud di Perugia.
La fortezza si articolava in tre parti: il Palazzo Papale, il Corridore e la Tenaglia rivolta verso la campagna. L'architetto ebbe comunque la sensibilità di incastonare nelle nuove muraglie a mattoni l'antica architettura etrusca denominata Porta Marzia, che ancora campeggia lungo l'omonima via. La costruzione della Rocca Paolina comportò la demolizione di circa trecento case (l'intero borgo di S. Giuliana), dei palazzi dei Baglioni, la famiglia al tempo dominante la città e leader della rivolta, di varie torri e chiese tra cui la quattrocentesca Santa Maria dei Servi che le testimonianze del tempo reputavano la più bella della città.
I sotterranei della rocca Paolina sono visitabili negli orari di apertura delle scale mobili che da piazza Partigiani portano a piazza Italia.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.
