Il complesso è costituito da una chiesa pre-romanica, con tre absidi esterne e campanile, da una abitazione di origine settecentesca e dal battistero di pianta ottagonale nel quale è stata rinvenuta, durante gli scavi, la vasca battesimale ad immersione, situata al centro dell'edificio.

La chiesa conserva ancora in parte un affresco nell'abside sinistra, databile al XIV-XV secolo, con Cristo seduto sul trono del giudizio e alla sua destra la Madonna che allatta il Bambino, mentre le figure alla sinistra dovrebbero essere identificabili con Sant'Agata, con in mano la palma del martirio, e con Santa Caterina d'Alessandria. Al di sotto di questi un altro affresco rappresentante una Crocifissione. Sono presenti tracce ormai illeggibili di altri affreschi nella parte alta della parete sinistra della navata.

Il battistero venne decorato dai frati francescani minori con un ciclo di affreschi sulle pareti che raffigura sette episodi della Vita di san Giovanni Battista. La cupola conserva un affresco con la Gloria del Padre, attorniato da medaglioni con raffigurazioni della Passione. Nel presbiterio sono affreschi realizzati dopo gli interventi della fine del Settecento e attribuibili alla scuola veneta: nell'abside la Natività di San Giovanni Battista e ai lati i profeti Mosè ed Elia. All'interno si conserva inoltre un'acquasantiera risalente al XIII secolo.