L'antico abitato di Naxos occupa la piattaforma lavica della penisoletta di Schisò e i terreni subito a nord di questa, per una superficie complessiva di 40 ettari. E' delimitata a sud-est dal torrente Santa Venera e a nord-est dalla baia. Questa vasta insenatura, compresa tra Capo Taormina e Capo Schisò, fu scalo naturale per le navi sospinte dalle correnti da Capo Spartivento o da Capo dell'Armi in Calabria: le prime navi greche seguirono questa rotta, che in linea d'aria non supera i 40 chilometri. E a questo proposito Eforo racconta che la nave di Teocle, ecista della colonia di Naxos, sarebbe stata trascinata in Sicilia dai venti.
Naxos è uno dei siti della costa orientale della Sicilia che ha restituito il maggior numero di fornaci per la cottura dei manufatti in terracotta dal periodo arcaico a quello tardo romano e bizantino e fino ai nostri giorni. La materia prima era fornita dalle colline argillose retrostanti la baia. Questi impianti artigianali in larga parte erano collocati all'esterno della città. Vi sono tuttavia fornaci, e tra le più antiche, anche all'interno dell'area urbana.
Altra opera imponente è costituita dalle mura di fortificazione, costruite con enormi blocchi lavici appena sbozzati, forse in concomitanza con l'attacco di Ippocrate, alla fine del VI sec. a.C., ed il cui circuito è stato quasi interamente individuato; a doppio paramento, raggiungono lo spessore di 4,60 m e sono interrotte da quattro porte aperte in corrispondenza dello sbocco di strade urbane.
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