Il sito archeologico di Egnazia, inserito in un felice contesto naturalistico-ambientale, è uno dei più interessanti della Puglia. Citata da autori come Plinio, Strabone, Orazio, la città ebbe grande importanza nel mondo antico per la sua posizione geografica; grazie alla presenza del porto e della Via Traiana, infatti, essa fu attivo centro di traffici e commerci.

La storia dell'antica Gnathia si è snodata nell'arco di molti secoli. Il primo insediamento, costituito da un villaggio di capanne, sorse nel XV secolo a.C. (età del bronzo) e il sito fu sicuramente frequentato nel XIII secolo a.C., in epoca postmicenea, come attestano i fori di palificazione (ancora in età del bronzo). Nell'XI secolo a.C. (età del ferro) si registra l'invasione di popolazioni provenienti dall'area balcanica, gli Iapigi, mentre con l'VIII secolo a.C. inizia la fase messapica che per Egnazia, come per tutto il Salento, cesserà con l'occupazione romana avvenuta a partire dal III secolo a.C. La città entrerà quindi a far parte prima della repubblica (come civitas foederata probabilmente dopo il 267 - 266 a.C. e come municipium dopo la guerra sociale) e poi dell'Impero romano e decadrà insieme ad esso. Della fase messapica di Egnazia restano le poderose mura di difesa e le necropoli, ove oltre a tombe a fossa e a semicamera, sono presenti monumentali tombe a camera decorate con raffinati affreschi.

Poco si sa della sua fine, ma è molto probabile che essa, come molte altre città, sia stata saccheggiata dai Goti del re Totila nel corso della guerra greco-gotica (intorno al 545 d.C.). Si crede anche che la diffusione, in epoca paleocristiana, della malaria e l'insicurezza data dalla sua posizione (nell'Alto Medioevo erano molto frequenti le scorrerie dei Saraceni lungo le coste) abbiano spinto i pochi abitanti rimasti a rifugiarsi nei casali dell'entroterra (così nacque Fasano, assieme ad altri piccoli centri, e si sviluppò Monopoli).