Fu costruito tra il 1244 e il 1246 per volere del podestà Filippo Ugoni come ampliamento degli edifici comunali del Palazzo del Podestà (assieme al Palazzo del Capitano del popolo) e per questo chiamato Palatium Novum, ma le sue vicende storiche l'hanno da sempre legato alla figura di Re Enzo di Sardegna.
Al pian terreno venivano custoditi il carroccio e le macchine da guerra, mentre al primo piano vi erano gli uffici del pretore e la cappella. Nel 1386 Antonio di Vincenzo realizzò in muratura la Sala del Trecento, poi adibita ad archivio comunale. L'ultimo piano fu pesantemente ristrutturato nel 1771 ad opera di Giovanni Giacomo Dotti.
Nel 1905 Alfonso Rubbiani ripristinò l'aspetto gotico dell'edificio ricostruendo le originarie merlature, le arcate del pianterreno, la scala quattrocentesca e riaprendo le finestre a trifora, operando tuttavia numerose aggiunte di fantasia dettate dalla moda neo-medievalista dell'epoca. Sulla destra del palazzo si trova ancora l'accesso alla cappella di Santa Maria dei Carcerati, in cui si recavano i condannati a morte. A partire dal 1910, nell'ambito dello sventramento del Mercato di Mezzo per l'allargamento di via Rizzoli, vennero demoliti numerosi edifici che, nel corso dei secoli, gli erano cresciuti intorno, fra cui casa Campogrande e il voltone della corda, situato fra i due edifici.
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