Il Palazzo Comunale, sede del governo di San Gimignano, fu costruito nel 1288. Ampliato nel 1323, il palazzo divenne sede del comune dopo che esso aveva avuto luogo nel vicino Palazzo vecchio del Podestà, dal 1337. L'edificio ospita il museo civico dal 1852. Il coronamento merlato e altri elementi risalgono al restauro effettuato da Giuseppe Partini tra il 1878 e il 1881.

Il Museo civico di San Gimignano si trova ai piani superiori del palazzo e vi si può accedere sia dalla Piazza del Duomo che dal cortile dietro al Palazzo. Il cortile fu costruito nel 1323 ed è decorato da stemmi affrescati o scolpiti e, al centro, da una cisterna sistemata nel 1361. Tra gli affreschi qui presenti sono di notevole interesse un Sant'Ivo che rende giustizia del Sodoma (1507), una Madonna con due santi di un pittore di scuola senese non identificato della seconda metà del XIV secolo e una Giustizia che calpesta la menzogna a monocromo di Vincenzo Tamagni (XVI secolo). Da qui parte la scalinata esterna per l'entrata ai locali del museo, coperta da una tettoia sorretta da colonne in laterizio.

La sala di Dante deve il suo nome al breve soggiorno del grande poeta del 1300: qui in veste di ambasciatore della Repubblica fiorentina egli perorò davanti al podestà e al consiglio generale la causa di una lega guelfa Toscana. La sala è decorata dalla grandiosa Maestà di Lippo Memmi (firmata e datata 1317) , ispirata a quella dipinta dal cognato Simone Martini nel Palazzo Pubblico di Siena. Come nell'affresco senese Maria è assisa in trono circondata da uno stuolo di santi e angeli: in adorazione si scorge anche la figura dell'allora podestà Nello di Mino de' Tolomei. La successiva sala era usata dal governo cittadino. Contiene gli antichi sedili lignei intagliati e intarsiati (1475) e un Busto di San Bartolo in terracotta colorata della prima metà del XV secolo entro una nicchia. A questo piano è presente un'altra saletta con un busto di Guido Marabottini, in terracotta di fattura fiorentina del Quattrocento. Da qui parte anche la scalinata per la salita alla Torre Grossa. La pinacoteca vera e propria si trova al secondo piano.