L'Orto Botanico di Padova fu fondato nel 1545 ed è il più antico orto botanico universitario ancora esistente al mondo. Il primato spetterebbe all'Orto botanico di Pisa, fondato nel 1544, se nel corso della sua storia non avesse cambiato due volte la sua sede: infatti, l'istituzione toscana si trova nell'attuale localizzazione solamente dal 1591.

La struttura odierna dell'orto mantiene sostanzialmente quella del progetto iniziale, opera di Daniele Barbaro, anche se presto modificata parzialmente dal Michiel: un quadrato inscritto in un cerchio rimanda all'ideale di un hortus conclusus, luogo paradisiaco destinato ad accogliere coloro che ricercassero il rapporto tra l'uomo e l'universo.

L'orto ha attualmente una superficie di quasi 22 000 metri quadrati e contiene oltre 6000 piante coltivate. La struttura è circondata da un muro circolare costruito nel 1552 per arginare i furti di erbe medicinali. All'interno quattro spalti sono a loro volta suddivisi in aiuole. Al centro una piscina per le piante acquatiche viene alimentata da un fiotto d'acqua calda proveniente da una falda posta a quasi trecento metri sotto il livello dell'orto.

Numerose sono le piante introdotte per la prima volta in Italia attraverso l'Orto Botanico. Fra queste il Ginkgo biloba, la magnolia, la patata, il gelsomino, l'acacia e il girasole.