Costruita da Francesco d’Este, figlio del duca Alfonso I e di Lucrezia Borgia, la residenza passò in eredità alla principessa Marfisa d’Este, da cui prese il nome e che qui abitò fino alla morte, rifiutandosi di lasciare Ferrara anche dopo la Devoluzione della città allo Stato Pontificio, quando la sua famiglia si trasferì a Modena. Morta Marfisa nel 1608, la Palazzina passò in eredità ai Cybo Malaspina; subì poi una serie di passaggi di proprietà fino a che venne arredata e inaugurata come sede museale nel 1935. La facciata dell’edificio su Corso Giovecca è in mattoni a vista scandita da grandi finestre rettangolari. L’ampio giardino retrostante è ora chiuso da un loggiato con decorazione interna a tralci di vite, utilizzato come teatro.