Il Museo Orto Botanico ha sede nell'area del Campus universitario e ospita piante ornamentali di areali diversi, acquatiche, officinali ed esemplari di vegetazione spontanea pugliese, delle aree murigane e selentine, ed esotica. È dotato di un idrofitario, di una roccaglia, di una serra, di una zona sperimentale per i ricercatori e di un aggiornato erbario.

L’Erbario è costituito da collezioni di exsiccata a valenza non solo scientifica ma anche didattica e storico-culturale. Attualmente sono presenti circa 40.000 exsiccata, dei quali una notevole parte è rappresentata da accessioni provenienti dal territorio pugliese ed un’altra da campioni di provenienza nazionale ed estera. Tra questi ve ne sono alcuni che risalgono al XIX secolo e che rivestono una particolare importanza storica e scientifica, come ad esempio quelli degli erbari Palanza e Chiovenda.

Tra le collezioni storiche, di rilevanza è la presenza della Xylotomotheca Italica di Adriano Fiori realizzata nei primi anni del novecento. Si tratta di una delle collezioni più interessanti e peculiari nel suo genere.