La collezione è composta da 238 vasi, suddivisi in: anfore, albarelli grandi, medi e piccoli, fiasche e brocchette, su molti di essi sono dipinte scene bibliche mitologiche e storiche tratte da originali bozze degli affreschi di Raffaello nelle Logge Vaticane Mancano sui vasi le descrizioni delle scene, ad eccezione di un albarello grande su cui è scritta la dizione “Como Giove si converse in toro e rapì Uropa”. All’interno della Farmacia si trovano altri vasi oltre quelli dei Patanazzi, aggiunti successivamente, di varia fattura, e dei mortai, degli alambicchi, un bilancino, dei filtri ed altro materiale d’epoca.