Il Museo nasce con l’intento di far conoscere la spiritualità dei Frati Minori Cappuccini e, perciò ne ripercorre, la storia, presentando la vita di Santi cappuccini esemplari come, ad esempio, San Felice da Cantalice e San Crispino da Viterbo, ma anche figure contemporanee di vastissima risonanza pubblica come San Pio da Pietrelcina, stimmatizzato per 50 anni e Padre Mariano da Torino, primo predicatore multimediale, Padre Gianfranco M. Chiti, già generale dei granatieri, reduce dalle campagne militari di Grecia, Albania e di Russia (ritirata del Don), prigioniero nei campi di Coltano e Laterina, saggio e santo educatore di innumerevoli schiere di militari e poi di giovani cappuccini.

La prima sezione è dedicata al Convento, commissionato dalla famiglia Barberini nel 1626 ed ultimato nel 1631, come esteso complesso conventuale con la chiesa dedicata all’Immacolata Concezione e secondo il progetto dall’architetto cappuccino Fra Michele da Bergamo.

La seconda sezione presenta L’Ordine, uno tra i più diffusi nel mondo, abbinando ai quadri dei Padri Generali e ai documenti d’archivio, alcuni approfondimenti sui santi e sui conventi cappuccini della Provincia Romana.

La terza sezione, La Santità Cappuccina, si sofferma sulla spiritualità cappuccina attraverso le immagini e le storie di alcuni santi dell’Ordine.

La quarta sezione, la più ampia del museo per estensione, mette in evidenza la Cultura e spiritualità attraverso l’esposizione di vesti e oggetti di uso liturgico e quella di manufatti di uso quotidiano.

La quinta sezione si sofferma sul “San Francesco del Caravaggio”, opera realizzata dal grande artista appositamente per il Convento dei Cappuccini.

A chiusura del percorso espositivo, l’ottava sezione introduce al luogo conclusivo e di grande suggestione che chiude la visita del museo: la Cripta-Cimitero. Opera d’arte singolare, realizzata verso la metà del 1700, con motivi ornamentali sulle volte e le pareti, utilizzando le ossa stesse dei religiosi.