Il percorso museale si snoda in tre parti: la prima, attraverso lo Scalone d’onore, tra i piani terra, primo ed interrato del palazzo; la seconda comprende la visita al rifugio antigas interrato, e la terza, percorrendo Piazza Antenore e Riviera Tito Livio, conduce al rifugio antiaereo U.N.P.A.

La prima parte include una sala informativa al primo piano, dove visionare filmati storici, testimonianze e documenti d’archivio e reperti di guerra tra '800 e '900. Si accede poi alle sale ottocentesche: Sala di Rappresentanza, Sala Consiliare e Sala Giunta.

La seconda parte prevede la visita al rifugio antigas interrato, reso accessibile grazie all'intervento di restauro e messa in sicurezza, recentemente eseguito dalla Provincia di Padova, proprio per evidenziare l’importanza storico-architettonica di questo luogo dalle molteplici suggestioni.

Infine, la visita prosegue nella sua ultima parte in Riviera Tito Livio, nell’ingresso del liceo, dove un nuovo portale d’ingresso in pietra, evidenzia il rifugio antiaereo UNPA, utilizzato come Bunker dal Comando Tedesco. Anche in questo caso è stato fondamentale l'intervento di restauro e messa in sicurezza recentemente eseguito dalla Provincia di Padova, per mostrare i segreti di questo luogo di grande rilevanza storico-architettonica e decisamente suggestivo.

Il percorso si conclude poi nel chiostro medievale del liceo Tito Livio, l’originario monastero benedettino di Santo Stefano, con la sua pregevole architettura ricca di storia, dove sono stati recentemente localizzati, negli spazi interrati, 4 rifugi antiaereo ad uso di studenti e docenti delle scuole.