Il museo si sviluppa sui vari piani della Torre dei Bolognesi, ripercorrendo a ritroso man mano che si sale la storia di Nonantola, al piano terra un pannello illustra le varie funzioni che ha avuto al torre nel corso dei secoli, il primo piano è dedicato al '900, il secondo alle trasformazioni del paesaggio e della comunità nel '800, il terzo va dal '700 alle origini del borgo e del Monastero di San Silvestro nel medioevo, il quarto va dal periodo romano alla preistoria, all'ultimo piano si trova il belvedere da cui si può ammirare il panorama su Nonantola e i comuni confinanti e nelle giornate terse su buona parte della pianura padana.