Il museo è strutturato su tre piani. Al primo livello, scritte, immagini e materiali rievocano il lavoro in miniera e la vita degli abitanti di Colere, salvaguardando la memoria storica di un recente passato. Una preziosa collezione di minerali è custodita nelle vetrine del primo e terzo livello e le numerose rocce con impronte fossili, la maggior parte delle quali provenienti dalla Presolana, permettono al visitatore di conoscere il territorio e l’ambiente che potrà scoprire incamminandosi lungo i sentieri circostanti.

Al secondo livello l’atmosfera e la rumorosità di una volta   sono ricreate, in modo suggestivo, dalla grande cascata d’acqua che scorrendo lungo il canale originale, precipita nella vasca illuminata. Il terzo livello conserva le capriate a vista ed è adibito a sala conferenze e ad area polivalente per attività culturali. Una quarta sala, sottostante al museo e con ingresso indipendente, è destinata ai laboratori e all’attività didattica.

L’area esterna, caratterizzata dalla presenza di vagoni minerari, è adibita a giardino e l’accesso è libero ai cittadini e agli escursionisti di passaggio che possono usufruire anche della vasta zona pic-nic e barbecue.