Il museo è situato nei locali del fondo antico dell'Abbazia Benedettina di San Pietro, Tempio innalzato nel X secolo. Notevoli la Cripta con il sarcofago di san Vittorino del 1200 e il Sacello delle reliquie, l'architettura romanica, il pozzo dei martiri compagni di San Vittorino e il passaggio sotterraneo che collegava il fondo antico all'ospedale benedettino costruito nel 1250. Il museo espone nella sala delle Granaglie e in quella della Cantina una collezione a tema "San Francesco e il presepe nell'arte contemporanea".