Il museo si propone di illustrare le architetture antiche dei Fori Imperiali e la loro decorazione architettonica e scultorea. Sono presentate le ricomposizioni di alcune partiture degli edifici antichi, realizzate con frammenti originali, calchi e integrazioni modulari in pietra, secondo la scelta museografica della reversibilità, che hanno lo scopo di restituire al visitatore la percezione della loro originaria tridimensionalità e di far apprezzare la ricchezza dei programmi figurativi, strumenti della propaganda imperiale.

Il percorso espositivo inizia nella "Grande aula" con l’introduzione all’area dei Fori imperiali, ciascuno dei quali è rappresentato da un pezzo particolarmente significativo. Al livello superiore della "Grande aula" sono le sezioni del museo dedicate al Foro di Cesare e al tempio di Marte Ultore nel Foro di Augusto (“Memoria dell’antico”). Sullo stesso piano il museo prosegue nel "Corpo centrale" con la sezione dedicata al Foro di Augusto, illustrando anche la sua funzione di “modello” per i Fori delle capitali provinciali romane.

Gli ambienti della parte superiore dei Mercati di Traiano, che ospitano il museo sono stati oggetto negli anni 2005-2007 di importanti restauri strutturali e conservativi. Il museo sarà completato con la sezione sul Foro di Traiano, che sarà ospitata negli ambienti delle "Aule di testata", a diretto contatto con i resti antichi, dopo i necessari restauri. Oltre al Museo dei Fori Imperiali, i Mercati di Traiano ospitano anche mostre temporanee.