Al Museo si accede per mezzo di una piccola porta, mantenuta appositamente originale, situata sotto una navata dei portici del chiostro. Tale porta è ricordata perché fu quella attraverso la quale, la sera del 14 novembre del 1880, passò S.Francesca Cabrini con le sue prime compagne per andare a dormire nelle piccole celle ora divenute museo. Dalla scaletta, dunque, si accede direttamente al grande salone del museo. Quivi si trovano sette bacheche, tipo armadi, situate alle pareti. Al centro, due grandi bacheche mobili sono disposte a mò di vetrine. Dal salone si vede, attraverso una grande vetrata del fondo, la stanza della Santa, che è ancora arredata con i mobili originali: il letto, una poltroncina di vimini, il comodino, un comò con cassetti, un inginocchiatoio, una scrivania, e alcuni quadri. La porta d'uscita immette da una parte, al "cenacolo cabriniano" e dall'altra, al salone dell'esposizione missionaria.

La vetrina delle reliquie con alcuni preziosi raccoglitori di reliquie di santi, regalate alla Santa, il Santo Bambino missionario, particolarmente caro a S.F.Cabrini per i miracoli ottenuti, la documentazione dei miracoli e delle grazie ottenute per intercessione della Santa e una raccolta dei suoi scritti autografi e delle varie biografie. Nella chiesa del Tabor, annessa al complesso, in una nicchia dell'altare laterale, è custodita una preziosa reliquia: il Cuore di Santa Francesca Cabrini.