Il monastero di Santa Chiara è l'antico monastero delle monache clarisse di Urbino. Si tratta di uno dei principali monumenti cittadini ed uno dei massimi esempi di architettura rinascimentale. Attualmente è sede dell'Istituto superiore per le industrie artistiche di Urbino.

Una prima struttura venne eretta in quel sito verso il 1420 per ospitare il Conservatorio delle donne vedove; nel 1456 ricevette la regola dell'osservanza di santa Chiara da papa Callisto III per intercessione del duca Federico III da Montefeltro. Nel 1457 vi si ritirò in clausura la prima moglie del duca Federico III, Gentile Brancaleoni, e nel 1472 vi fu sepolta la seconda moglie del duca, Battista Sforza, per espressa volontà della defunta. Nel 1482 anche Elisabetta da Montefeltro, una delle figlie del duca Federico III, si ritirò in questo monastero, dopo la morte del marito Roberto Malatesta; dopo alcuni anni divenne suora e con la sua dote avviò la ristrutturazione del monastero, su progetto dell'architetto senese Francesco di Giorgio Martini, rimasto incompiuto per le sfavorevoli contingenze storiche.

Successivamente i Della Rovere intervennero sulla chiesa conventuale, tra XVI e XVII secolo, arricchendola decorativamente sia negl'interni che negli esterni; dal 1538 divenne il Mausoleo ducale con la sepoltura nella suddetta chiesa del duca Francesco Maria I Della Rovere, della moglie Eleonora Gonzaga, del figlio il cardinale Giulio Della Rovere, della nuora Giulia Varano (prima moglie del duca Guidobaldo II) e della nipote Eleonora o Lavinia Della Rovere (figlia del duca Guidobaldo II e di Vittoria Farnese).