Gli Ipogei di Siponto sono grotte in parte naturali, scavate dal mare e in parte modellate dall'uomo. Furono abitate dal neolitico fino all'età del ferro. In seguito, furono aree sepolcrali pagane per la Siponto romana. Successivamente, i primi cristiani sipontini le utilizzarono sia come chiese rupestri per i primi riti cristiani, che per le sepolture. Le tombe furono scavate nel tufo e presentano ambulacri ed arcosoli. Gli ipogei rimasero una necropoli fino al XIII secolo, quando Siponto fu abbandonata per fondare Manfredonia. Furono utilizzate come cava di tufo per costruire la città di Manfredonia, poi ebbero la funzione di ricovero per animali e pastori o furono impiegate come vere e proprie abitazioni. Ogni ipogeo è composto da 1 a 4 ambulacri o vestiboli divisi da grossi pilastri di roccia. Gli interni presentano arcosoli (monosomi e bisomi), che si susseguono lungo tutte le pareti, tombe biloculate o polisome, loculi per bambini, nicchie poggia-lucerne, croci greche incise.