La villa appartenuta alle Monache benedettine di San Martino fin dal XIV secolo, passò, nel XV secolo ad Antonio e Bernardo Rossellino e successivamente, nel 1610, a Zanobi di Andrea Lapi. Nel 1718 venne acquistata dai Capponi. Sono i Capponi che definiscono la villa nelle sue forme attuali, come appare nelle incisioni del XVIII secolo. In questo periodo compare: il giardino tergale, concepito come un cortile decorato a motivi rustici e posto ad un livello superiore rispetto all'edificio, l'aranceta, dove sono custoditi vasi d'agrumi, la lecceta, statue in pietra raffiguranti animali.
La parte più interessante del giardino è posta nel lato sud dell'edificio. Qui si apre un meraviglioso parterre, costruito per volere della principessa Ghyka, alla cui realizzazione vi lavorarono due giardinieri locali, Martino Porcinai (padre del più famoso Pietro) e Luigi Messeri. Questi divisero il piano in quattro aiuole rettangolari d'acqua, dall'andamento molto allungato, sottolineato da siepi di bosso (spesso doppie) che terminano in un emiciclo-belvedere segnato da cipressi sagomati ad arco con un effetto scenografico simile ad un settecentesco teatro di verzura, che consente squarci prospettici di gran suggestione sulla campagna fiorentina.
Parallelo alla villa e al parterre è posizionato un lungo prato (largo dieci metri e lungo trecento), fiancheggiato da un alto muro ornato da statue, interrotto in un punto per poter consentire l'accesso ad un piccolo giardino, composto da un prato decorato ai lati da vasi di ortensie e terminante in una grotta, costituita da mosaici di ciottoli, statuette in arenaria e terracotta.
Attraverso due doppie scale, poste ai lati e abbellite da una ricca balaustra a colonnette raffiguranti frutti, si accede da un lato ad un boschetto di lecci sopraelevato e dall'altro ad un aranceto. Oltrepassato questo si arriva ad un altro boschetto di lecci, che si ricollega al lungo prato; da qui si giunge ad un giardino dalla forma ovale che termina con una grotta contenente una vasca con la statua di Nettuno.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.