La storia del complesso monumentale del Priamar è legata a quella del promontorio dove fu edificato e su cui sorgeva il primo nucleo di Savona. Qui infatti, in età medievale, si trovavano la cattedrale, il palazzo vescovile, il convento domenicano, le dieci chiese delle confraternite e il castello di Santa Maria. Nel 1525, con la vittoria su Savona e la conseguente distruzione di questi edifici, Genova impose la costruzione di una fortezza che fu realizzata negli anni fra il 1542 e il 1544 su progetto di Giovanni Maria Olgiati, sia per proteggere il territorio da possibili attacchi sabaudi, sia per tenere sotto controllo la città di Savona che, con l'interramento del porto (1528)era stata definitivamente sottomessa.
All'Olgiati si deve l'impostazione del fronte bastionato che racchiude i due nuclei del mastio e della cittadella, secondo un'idea di massimo sfruttamento del dislivello tra l'antica zona della cattedrale e l'area del castello. Nel mastio si trovano il Palazzo del Commissario e quello degli Ufficiali che, nel Settecento, vennero ad affiancarsi al quattrocentesco Palazzo della Loggia.
Sul lato verso mare il sistema difensivo segue la conformazione naturale dello sperone roccioso, che era a strapiombo sul mare fino al XVII secolo. In questo periodo vengono infatti erette le cortine fortificate e la struttura raggiunge la massima superficie occupata, proprio in seguito al mutare della concezione difensiva e delle nuove tecniche. Ancora, nel '700 la fortezza fu teatro delle lotte tra gli eserciti austro-piemontesi e napoleonici. Nel 1815, con l'annessione della Liguria al Piemonte, venne destinata a bagno penale (1820) e a reclusorio militare (1848). Vi fu imprigionato Giuseppe Mazzini(1830-31) che qui ideò la "Giovine Italia".
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