Attualmente dell'eremo risultano conservati la chiesa, la sagrestia ed i resti del monastero distribuiti su due piani, con la foresteria e delle celle. La chiesa molto probabilmente aveva un portico composto da due archi. Sull'ingresso, restaurato alla fine del XVI secolo si nota la scritta "Ecclesia haec S. Spiritui ab Angelis consecrata, Aegris Medicina est, et Christi Fidelibus Dimittit Peccata Omnia" ed al centro "Porta Coeli". Il portale in legno, insieme alla statua di San Michele Arcangelo ed al tabernacolo, risalgono al 1894 quando la chiesa fu riaperta al culto.

La parte più antica della chiesa è il presbiterio, che presenta archi a sesto acuto caratterizzati da costoloni e due porte a lato dell'altare che conducono al coro. Con la riapertura al culto della chiesa furono riportate all'eremo le opere che erano state trasferite nella chiesa di Roccamorice, come i dipinti della Madonna, la Discesa dello Spirito Santo nel Cenacolo, una statua di Cristo in legno ed un busto di papa Celestino V. A queste si aggiungono due tele dell'Ottocento con San Giuseppe e Sant'Elena.

Il nucleo originario dell'eremo si trova nella parte bassa della chiesa, scavato nella roccia. Ha due ingressi, il primo dei quali fa accedere a quella che viene chiamata la stanza del Crocifisso da dove, tramite alcuni gradini, si accede ad un'altra stanza che potrebbe essere il giaciglio di Pietro da Morrone; il secondo ingresso conduce a due stanze per la sepoltura dei principi Caracciolo di San Buono. Seguono un primo blocco di stanze di servizio al piano terra e di camere al piano superiore, mentre un secondo settore è formato da sei grossi locali allo stato di rovine.

Il terzo edificio è la foresteria, o Casa del Principe, che si sviluppa su tre piani. È possibile accedervi tramite un corridoio scavato nella roccia. Vicino all'ingresso della foresteria si trova la Scala Santa che, con 31 gradini, porta tra i ruderi di altri edifici. Un'altra scala di 76 gradini arriva ad una balconata coperta di notevoli dimensioni. Due brevi scale portano all'oratorio della Maddalena, ricavato nello sperone interno alla balconata.