La facciata risale al XIII secolo ed è la parte originale della vecchia chiesa. Il portale gotico ha strombature ed ha arco a tutto sesto con una lunetta senza dipinto. Alla sinistra vi è una lapide che recita in latino la storia breve della fondazione della chiesa medievale di Santa Margherita.

L'interno originale era barocco, ed era fornito di sei altari laterali e di una cappella dedicata alla Madonna Addolorata. Benché a navata unica, è stato rielaborato in stile neogotico nel 1853. La copertura è geometrica e piana (solo la volta del transetto è a crociera), le colonne portanti sono striate di verde, con capitelli corinzi. Dai capitelli esse si innalzano formando arcate: in tutto ci sono tre per ogni lato. Sotto queste ci sono altre piccole arcate sono presenti affreschi di Achille Carnevale del 1923 raffiguranti scene della vita di San Giuseppe.

Pregevole è il Trittico di Cona a Mare, proveniente dalla scomparsa chiesa della Cona di Mare, crollata a seguito di una frana nel 1816. L'opera, del 1505, realizzata da Michele Greco da Valona, si compone di tre ante, in cui sono dipinti la Madonna con Bambino affiancata da Santa Caterina e San Nicola. Il presbiterio è stato ristrutturato nel 2009, in cui si è provveduto a rimuovere le balaustre che prima lo delimitavano e ad aggiungere un altare ed un ambone di fattura moderna. Alle spalle sono presenti un polittico ottocentesco con Cristo in gloria tra quattro angeli musicanti e la settecentesca statua di San Giuseppe portata in processione ogni 25 anni. Ai lati dell'altare si aprono due cappelle: quella di destra, dedicata al Sacro Cuore, mentre quella di sinistra alla Madonna di Lourdes, in cui sono presenti anche le statue di San Pio X e di Santa Liberata.