La chiesa si sviluppa su una pianta a croce latina, con tre navate, transetto e tre absidi. La facciata a capanna, ottocentesca, è caratterizzata da un piccolo rosone in sommità, una bifora sottostante e due alte monofore ai lati del maestoso portale strombato, che, risalente alla ristrutturazione rinascimentale, presenta una successione di colonnine e archi polistili. La lunetta centrale, di epoca romanica e forse di scuola pre-antelamica, è imperniata sul tema del riscatto dal peccato; per questo le sculture in rilievo raffigurano al centro Gesù Cristo crocifisso, alla sua sinistra Maria, san Giovanni (o sant'Abbondio martire) e san Moderanno ed alla sua destra il centurione che ne trafigge il costato e un giovane che raccoglie il sangue versato in una coppa. Al di sotto, l'architrave, riccamente scolpito con altorilievi che rappresentano figure umane e animali fantastici, è sostenuto da due telamoni, che raffigurano l'ascolto e l'udito.

I vari prospetti, interamente rivestiti, come la facciata, in arenaria, sono arricchiti da archetti sottogronda, con sculture e metope, di varie epoche; il lato settentrionale e la parte absidale, realizzati in epoca romanica come la parte basamentale del campanile (o tiburio), si distinguono per la presenza di alcune sculture a figura intera collocate all'interno degli archetti. Il portale secondario, risalente al XII secolo, è caratterizzato dalla lunetta dell'Adorazione dei Magi, con un affresco datato 1198; ai lati si trovano due sculture raffiguranti, in posizione seduta, san Pietro e san Paolo, i cui sepolcri a Roma costituivano la meta dei pellegrinaggi medievali.

L'interno, rimaneggiato durante la ristrutturazione rinascimentale, cui rimandano i numerosi simboli del leone rampante disseminati nella chiesa, è caratterizzato dal solenne colonnato in pietra, con capitelli diversi l'uno dall'altro, a sostegno delle arcate a sesto acuto; in sommità sono visibili le capriate lignee di copertura; i due pilastri del presbiterio, di maggiori dimensioni, risalgono alla chiesa medievale.

Nella navata sinistra è collocata la medievale arca di San Boccardo, sarcofago in marmo bianco sostenuto da quattro colonnine, che dovrebbe contenere le spoglie di san Burcardo, vescovo di Würzburg; realizzata nel 1355 per volere dell'imperatore Carlo IV, come attestato dall'iscrizione nella cimasa triangolare posizionata in sommità, fu ricomposta nel 1916 dall'architetto parmigiano Lamberto Cusani. All'interno del presbiterio, risalente alla chiesa medievale, sono collocate due casse quattrocentesche, contenenti le ossa di san Moderanno e di sant'Abbondio martire. Al centro dell'altare maggiore è incastonato un pluteo longobardo dell'VIII secolo, con un bassorilievo raffigurante una croce contornata da due pavoni, simboli di immortalità, che bevono da due calici. All'interno della chiesa si trovano anche alcune pale seicentesche, un crocifisso settecentesco ed un dipinto raffigurante la Madonna col Bimbo e santi Francesco, Margherita da Cortona e Vincenzo Ferreri del pittore settecentesco Paolo Ferrari.