La Cattedrale sorge sulla spianata della Città Murata e il prospetto principale si affaccia a settentrione. È una delle più grandi chiese di Milazzo. Il Duomo Antico sorge a partire dal 1607. La nuova costruzione subisce il condizionamento del luogo fortificato e dalle crescenti esigenze militari. Per la sua realizzazione sono demolite la chiesa di San Nicolò e la chiesa di Sant'Antonio Abate. La consacrazione avvenne nel 1616, ancora prima del termine dei lavori, le ultime opere saranno completate nel 1642. Dal 1718 al 1720, nella guerra di successione, il presidio del castello, composto di truppe inglesi, tedesche e olandesi, resiste valorosamente all'assedio da parte spagnola durante la Battaglia di Milazzo. In questo frangente il duomo è temporaneamente trasformato in ospedale militare, il monastero femminile in magazzino di frumento. Nel 1860, sconsacrazione in seguito all'occupazione delle truppe garibaldine, totale abbandono e decadimento fino al restauro e recupero avvenuto alla fine del ventesimo secolo.
La struttura è scandita, all’esterno da un telaio di paraste a coppia a forte rilievo in pietra e con capitelli corinzi e compositi (foglie e figure grottesche: fregi zoomorfici) scolpiti nel 1621 da maestri siracusani sotto la guida di Domenico La Maestra. Il prospetto principale, è segnato anch’esso da una coppia di paraste e pilastrini sovrapposti che inquadrano, rispettivamente un portale in stile ed una finestra con due tondi laterali: segni dello zodiaco ed orologio solare. All’ opera di Pietro Novelli, sono attribuite le due absidi laterali con scomparti ricchi di marmi policromi alla destra dell’altare maggiore la cappella del SS. Sacramento e a sinistra quella della Madonna delle Grazie, ambedue ultimate nel 1724. Attigui a queste, l’altare di S. Stefano (1678) e quello del Crocifisso. I superstiti altari marmorei (quello maggiore si trova oggi nella chiesa di S. Giacomo), sebbene considerevolmente danneggiati, conservano la bellezza policroma dell’intarsio.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.