L'ipogeo è costituito da un grande ambiente centrale collegato con l'esterno da due scalinate scavate nella roccia. Le pareti erano decorate con dipinti, di cui si conserva soltanto quella di San Giovanni Battista, datata al XIII secolo. Sull'altare maggiore è collocata la statua marmorea di Santa Restituta, mentre in quello minore stavano i simulacri delle Sante Giusta, Giustina ed Enedina. 

Le statue guidarono la ricerca delle reliquie coronata da successo nel 1614, quando si distrusse l'altare minore per rinvenire i resti sacri. In seguito l'allora vescovo di Cagliari, Francisco Desquivel, ordinò dei lavori di abbellimento con il rialzamento dell'altare e la creazione di tre nicchie: quella centrale ospitava le reliquie delle quattro Sante e la statua di Restituta; quelle laterali accoglievano, probabilmente, i simulacri di Eusebio, vescovo di Vercelli, e di Eusebia abbadessa, ritenuti, tradizionalmente, figli di Santa Restituta.

Nel 1620, dopo il ritrovamento, sotto il pavimento della cripta, di altri presunti corpi santi, si decorò ulteriormente l'ambiente aggiungendo il grande altare della cappella di fondo, delimitata da un grande arcone ornato con fioroni e punte di diamante.