La cripta di San Giovanni in Conca è un monumento situato in piazza Missori a Milano. Si tratta dei resti dell'antica basilica di San Giovanni in Conca (nome originario paleocristiano basilica evangeliorum), della quale rimangono oggi solo poche tracce risalenti all'XI secolo, vale a dire parte dell'abside e l'intera cripta, da cui il nome dei moderni resti. Dal 1879 al 1951 (anno della demolizione) fu sede della Chiesa Evangelica Valdese di Milano.

Dell'antica basilica rimangono oggi solo la cripta, unico esempio di cripta romanica originale esistente a Milano assieme alla cripta di San Vincenzo in Prato, e l'abside, nella quale si nota la monofora con strombatura, arco a tutto sesto e due capitelli con volute a graffito ed il coronamento esterno degli archetti svuotati: si tratta di elementi tipici del romanico milanese, presenti anche nella Basilica di Sant'Ambrogio e in quella di San Nazaro in Brolo.