All’interno, rivestito a metà Settecento di stucchi rocaille alla maniera di Fortunato Rusca e Carlo Bossi, sono conservati importanti dipinti dei secoli XVI, XVII e XVIII, tra cui quindici tondi con i Misteri dei Rosario di Vincenzo Campi (1576-1581 ca) e affreschi con imponenti figure di Dottori della Chiesa di Michelangelo Anselmi (1538-39). Rimarchevoli sono l’altare maggiore con figure e intagli a finto bronzo dorato, del cremonese Giovanbattista Febbrari (metà ‘700) e il coro neoclassico (1800-1805).

La sagrestia è coperta da un soffitto decorato con motivi a coppie di mensoloni in stucco in stile barocco, risalenti alla fine del XVII secolo. L'ambiente ospita un pregevole altare coevo, sovrastato da ciborio intagliato e pala raffigurante San Pietro d'Alcantara che confessa Santa Teresa, dipinta da Luca Giordano nella stessa epoca. La sagrestia ospita la parte principale del ricco Tesoro della Collegiata, che raccoglie pezzi provenienti anche dalle altre chiese di Busseto.