L'edificio fu fondato nel 1264 su una preesistente chiesa intitolata a Santa Lucia. I lavori, voluti dagli Agostiniani, non ebbero mai termine e venne costruita solo la zona absidale e parte della navata. Fu soltanto nel nono decennio del XV secolo che i frati provvidero a realizzare il portale gotico in pietra calcarea e successivamente (secolo XVIII) fu decorato l'interno con stucchi dorati. In epoca moderna è stato riportato alla luce un affresco del XVI secolo nell'abside raffigurante Storie di vita di Sant'Agostino.

Attualmente vi è esposto il complesso scultoreo delle statue degli Apostoli e dei Santi protettori, realizzato tra la fine del XVI e l'inizio del XVIII secolo, e lo splendido gruppo dell'Annunciazione (1603-1608) di Francesco Mochi. Accoglierà successivamente altri segmenti e selezioni tematiche delle collezioni dell'Opera del Duomo.