Per lungo tempo in questa chiesa è stata riconosciuta un'antica cattedrale di Siracusa, sorta in Acradina (extra moenia) nell'area soprastante le Catacombe e nel luogo dove, secondo la tradizione, fu sepolto il protovescovo di Siracusa san Marciano, martirizzato sotto Gallieno e Valeriano (metà del III secolo);
La facciata sud della chiesa quale si vede, parzialmente danneggiata dal terremoto del 1693, è quella restaurata nel '700 con modifiche alla stessa facciata e presenta un portico quattrocentesco. A sinistra si nota invece l'antica facciata normanna segnata dal rosone e dal portale decorato.
Particolarmente importante è la cripta di san Marciano sotto la chiesa, che ha accolto il corpo del primo vescovo fin quando a causa dell'invasione araba furono traslate a Gaeta. La cripta è tuttora frequentata come luogo religioso sia da Cattolici sia da Ortodossi. La cripta attuale e di età normanna. Per accedere alla cripta di san Marciano, dove nel 61 avrebbe predicato l'apostolo Paolo, si scende una ripida scala di accesso e si entra nella sala principale. Ad un lato della sala, in una piccola cappella laterale, si trova il sepolcro in muratura del Santo; essa presenta una piccola apertura attraverso la quale si poteva accedere al contatto con le sacre reliquie; al centro della sala principale vi è l'altare circondato da 4 colonne. In età normanna lo spazio centrale attorno all'altare fu modificato da 4 pilastri caratterizzati da quattro capitelli con i simboli degli Evangelisti e iscrizioni del Vangelo e altre colonne della cripta. Si effettuò anche la pavimentazione, lembi della quale sono ancora visibili. Le pareti presentano rovinatissime tracce di pitture, quale a nord quella detta delle due Alessandre. Dal piano della Basilica si discende a sinistra per visitare le Catacombe di San Giovanni, le più recenti fra le siracusane (315-360), e in uso fino alla fine del V sec.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.
