Annessa all'ex convento dei frati Cappuccini. Venne costruita nella seconda metà del XII secolo e andata distrutta. Venne ricostruita tra il 1280 e il 1300. Le prime notizie sulla chiesa di Sant'Agata risalgono al 1291 quando il papa concesse l'indulgenza di 40 giorni per chi avesse visitato la chiesa nella festività di Santa Maria Vergine e Sant'Agata. Nel 1631 la chiesa passò ai frati Cappuccini che la intitolarono a San Francesco. Nella seconda metà dell'Ottocento la chiesa e il convento vennero ceduti al comune che nel 1888 concesse l'area dell'orto alla società delle tranvie. La chiesa ha una modesta facciata a capanna, nel cui centro si apre il portale rettangolare sovrastato da una lunetta a tutto sesto. L'interno, a una sola navata ha la volta a botte; segue un ampio presbiterio. Dal lato sinistro si accede al convento mentre sulla destra si sviluppano la sacrestia e le tre cappelle.
Pochi sono gli arredi rimasti nella chiesa. I più importanti sono la notevole Crocifissione e santi del pittore genovese Orazio De Ferrari e un dipinto raffigurante san Felice da Cantalice risalente al XVII secolo.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.
