Nel 1471 Bartolomeo Colleoni, alla morte della moglie Tisbe Martinengo per esaudire a un suo voto, ottenne dal Papa Paolo II l'autorizzazione di costruire a Martinengo, un convento maschile e uno femminile, in località Cantone Spineto dove l'anno successivo comperò terreni e fabbricati. Quaranta giorni prima della sua morte, i due istituti erano sicuramente attivi perché è del 18 settembre 1475 la concessione di grazie e indulgenze della bolla pontificia di papa Sisto V ai monasteri di Santa Chiara dell'ordine delle clarisse e dell'Incoronata dei frati francescani minori che erano edificati e attivi.

La facciata della chiesa si presenta con un portale ad arco a tutto sesto in arenaria sormontato da una lunetta con l'affresco della Natività con angeli, e due finestre ad arco acuto tribolato. Le pareti esterne presentano una decorazione ad archetti in terra cotta su tutto il giro dell'edificio. Il campanile è inserito nell'abside fu quindi costruito contemporaneamente all'edificio centrale.

Le due aule sono divise da un muro interamente affrescato da Pietro Baschenis nel 1623-1627, con le Storie della passione e altri affreschi, commissionato da Contino de Mamolis che era un soldato albanese di stanza a Martinengo.

Gli affreschi presenti nella prima cappella, quella dedicata a san Francesco, furono eseguiti da un artista anonimo chiamato Maestro di Martinengo perché in questa chiesa eseguì molti dei suoi lavori ma di cui non si ha alcuna informazione biografica, la sua arte prese ispirazione da lavori di Andrea Mantegna.

La cappella che ha la raffigurazione del santo di Assisi affrescato nell'atto di mostrare le stimmate, mentre sei angeli sorreggono un cartiglio con scritte in italiano volgare. Il dipinto è rovinato ma permette una chiara lettura. Visibile è ancora il disegno preparatorio e sopra il santo i piedi di un Cristo Pantocratore dipinto entro una mandorla ma poco leggibile. Le volte presentano medaglioni con le raffigurazioni di episodi della vita del santo e il sottarco vi sono rappresentati i sei frati, cinque dei quali furono uccisi del sultano Miramolino durante il viaggio in Marocco nel 1220 e che furono canonizzati nel 1481. L'affresco li raffigura nell'atto del loro martirio, con una spada conficcata nella testa. Il dipinto è assimilabile ai pittori del Gotico Cortese, della cerchia dei Bembo, attivi nel XIV secolo. Anche gli affreschi della volta dell'abside, sono assegnati al medesimo pittore e rappresentano la Vergine incoronata da Cristo.