La chiesa di Sant'Antonio abate a Milano è situata tra il Duomo e l'Università statale. Il monumento attuale è una riedificazione del periodo manierista (1582) (del cui stile costituisce una sorta di "museo milanese"), come nuova sede milanese di Chierici regolari Teatini.
Gli affreschi delle volte della navata e del transetto sono opera di Giovanni Andrea Carlone e Giovanni Battista Carlone e furono realizzati nel 1631. Essi raffigurano: sulla volta della navata, La Croce appare a Costantino, La Prova della vera Croce, Eraclio riporta la Croce a Gerusalemme; sulla volta del transetto, spazi intermedi, affreschi: Trionfo della Croce, Il Serpente di bronzo, Sacrificio di Isacco, Progenitori nel Paradiso terrestre, Passaggio del Mar Rosso (in collaborazione col fratello minore Giovanni Battista Carlone).
La cappella dell'Annunciata (seconda sulla parete sinistra) custodisce i dipinti di Giulio Cesare Procaccini, raffiguranti l'Annunciazione (sull'altare), la Visitazione, a sinistra, la Fuga in Egitto, a destra, Angeli, sopra la pala e l'Eterno in gloria, nell'arcone, considerati fra i massimi capolavori del barocco milanese.
La prima cappella di sinistra è dedicata a san Gaetano da Thiene, fondatore dell'ordine dei teatini un tempo titolari del convento. La pala centrale fu dipinta da Giovan Battista Crespi detto il Cerano nel 1610. Di tipico gusto barocco, mostra il santo inginocchiato in contemplazione della croce, contorniato da putti gioiosi.
Nelle restanti cappelle si trovano opere dei più importanti artisti milanesi dei primi anni del Seicento, alcuni dei quali impegnati negli stessi anni nei due cicli dei Quadroni di San Carlo per il Duomo. Nella seconda cappella a sinistra troviamo l'Estasi del Beato San Gaetano da Thiene, di Giovan Battista Crespi detto Il Cerano, dipinto del primo decennio del secolo.
L'organo della chiesa è un pregevole strumento storico, costruito dai Brunelli nel XVIII secolo e successivamente più volte oggetto di modifiche e restauro; Wolfgang Amadeus Mozart lo suonò nel 1773, nell'ambito del suo terzo soggiorno a Milano.
