La chiesa è ubicata nel cuore della Napoli greco-romana, nella piazzetta dedicata al dio Nilo al cui culto erano votati i mercanti egiziani. Il cardinale Rainaldo Brancaccio fece erigere nel 1385 una prima cappella di famiglia, dedicata ai Santi Angelo e Marco, nelle immediate adiacenze del palazzo nobiliare di loro proprietà. Il rifacimento che diede all'edificio l'attuale aspetto è del 1709, per opera di Arcangelo Guglielmelli, mentre l'unico elemento che risale all'antica costruzione gotico-catalana è il portale principale, su via Mezzocannone.

Alla destra dell'altare vi è la cappella che custodisce nella parete frontale il sepolcro del cardinale Rainaldo Brancaccio, una delle più importanti opere scultoree presenti a Napoli, da considerarsi una delle prime e maggiori testimonianze del passaggio dalle forme tardo-gotiche a quelle rinascimentali. Pur avendo un tradizionale impianto a baldacchino, di chiara reminiscenza tardo-gotica (il gusto artistico a Napoli risentiva profondamente dell'operato di Tino di Camaino), il monumento presenta sculture e rilievi di evidente modernità per l'epoca. L'opera, in un primo momento collocata lungo una delle pareti della chiesa originaria, fu eseguita a Pisa tra il 1426 e il 1428 da Donatello ed altri maestri toscani come Michelozzo e Pagno di Lapo Portigiani e inviata a Napoli per mare. La parete sinistra della stessa cappella vede invece il quattrocentesco sepolcro di Pietro Brancaccio, di Jacopo della Pila.