La presenza francescana a Carpi è testimoniata già dal XIII secolo presso la parte meridionale e orientale della cittadella murata.

Nel 1451 su istanza di Alberto II Pio, principe di Carpi e del fratello Galasso, ha luogo la costruzione di un nuovo grande tempio monumentale dedicato a san Nicolò (san Nicola). Abbattuta dunque la precedente piccola chiesa si fece spazio ad una chiesa di carattere rinascimentale il cui progetto e i lavori furono seguiti da Baldassarre Peruzzi e conclusi nel 1516, quasi in contemporanea con l'inizio della costruzione della cattedrale.

L'interno è costituito da tre navate, il presbiterio è rialzato e la pianta è del tutto simile a quella della chiesa di Santa Giustina a Padova. All'esterno la possente facciata in cotto e la cupola sono a caratterizzare l'edificio.

All'interno è possibile ammirare belle opere in scagliola di artisti locali, oltre che quadri di Bernardino Loschi raffiguranti l'Annunciazione e San Rocco, e di Luigi De La Forest, come la tela dei Santi Pasquale Baylon e Giovanni della Marca (1719) a lato dell'ingresso principale, San Francesco (1725) per l'altare maggiore, e Sant'Onofrio e altri santi.