La costruzione forse risale all'XI secolo. Un documento rinvenuto dallo storico Rocco Pirri indica chiaramente l’esistenza già nell’anno 1181 della contrada intitolata San Nicola, e un secondo atto riporta la donazione nel gennaio 1219 dal vescovo Ursone alla comunità cistercense di Santa Maria in Adrano, che vi edificò accanto un cenobio. La chiesa e il monastero subirono probabilmente un restauro, testimoniato da un documento del 1322 indirizzato al benedettino Pietro dal vescovo Bertoldo de Labro.

Lo stile della costruzione, in cui predomina il tufo caratteristico della zona, è alquanto rustico. La facciata risulta inquadrata tra due massicce colonne, le quali racchiudono un portale gotico a sesto acuto. La grande porta di legno fu realizzata nel 1531 da Angelo Blundo ed è sormontata dall'emblema francescano. La chiesa presenta una sola navata, sormontata da una volta ad ogiva; lo spazio interno, sul lato destro, genera quattro cappelle, le quali in passato garantivano ai monaci cistercensi un momento di solitudine. Lungo le pareti sono presenti delle arcate cieche (otto nelle pareti lunghe, cinque nel lato corto), all'interno delle quali il pittore Innocenzo Mascarella realizzò, nel 1575, degli affreschi.

L'edificio, inoltre, custodisce da alcuni decenni il sarcofago di Fedra magnificato da Goethe, che lo vide nel 1787 presso la cattedrale di Agrigento. È un'opera in marmo attribuita al "maestro di Agrigento", attivo tra il II e il III secolo d.C. Venne spostato nella chiesa di San Nicola nel 1966 dopo alcuni smottamenti che interessarono la cattedrale.