Stabilitisi i gesuiti a Cagliari nel 1564 presso l’attuale chiesa di S. Croce in Castello, nel 1585 decisero di impiantare il noviziato nel capoluogo; questi fu perciò eretto con bolla del pontefice Gregorio XIII del 1 novembre 1584) nella via “de monti” (attuale via Ospedale), sul sito dell’antica chiesa dei SS. Michele ed Egidio, che era ubicata a ridosso della Torre dello Sperone. Sennonché, già nel 1595, i primi locali si rivelarono insufficienti a contenere l’alto numero di novizi. Il problema fu risolto grazie ad un grosso lascito del vescovo di Ampurias e Civita, mons. Giovanni Sanna (1586-1607), il quale offrì una dotazione annua di 20.000 lire sarde, che permise l’ampliamento definitivo del noviziato, sì che il Sanna fu ritenuto l’effettivo “fondatore” del noviziato di S. Michele.

II complesso contiene, oltre alle 10 tele sui misteri del rosario, 20 tele raffiguranti o santi della Compagnia, o terminali di qualche devozione gesuitica. Si noti che il principale pittore a cui i gesuiti commissionarono le tele più importanti della chiesa (in sacrestia), fu Giacomo Altomonte, la cui famiglia di origine tirolese si trasferì a Napoli (tuttavia, egli curiosamente si firmava “romanus”); maestro del rococò in Sardegna. Egli era il fratello di Martino Altomonte (allievo del Baciccia), che fu pittore di corte dapprima presso la corte polacca e in seguito a Vienna. Invece, Domenico Colombino fu solo un suo aiutante, napoletano, artisticamente molto inferiore al maestro, che risulta operante solo nell’isola.

Oltre alle tele, la chiesa presenta alcuni affreschi; senz’altro il più interessante è l’Incoronazione della Vergine da parte della Trinità, dipinta da Giacomo Altomonte nella volta del presbiterio; in cui Gesù è presentato portante la croce, secondo la celebre visione di S. Ignazio nei pressi de La Storta (Roma, metà novembre 1537).