Fondata nell'VIII secolo dai longobardi e nominata già nel X Puteo Albo cioè del Pozzo Bianco, forse per la presenza di un pozzo di marmo bianco, e nulla rimane oggi della chiesa primaria. Venne ricostruita nel XII-XIII secolo e poi di nuovo rinnovata nel Quattrocento, anche se la facciata è novecentesca, confinate con la casa del vicario e decorata, a sinistra, da affreschi cinquecenteschi attribuiti a Giacomo Scanardi.

Nel 1226 venne fondata una confraternita laica che si dedicava all'assistenza dei bisognosi, soppressa nel 1805. All'interno, dall'aspetto quattrocentesco, si trova una navata unica con copertura con travi a vista sostenute da arconi ogivali, rivestiti, al pari delle pareti, da affreschi del 1440 e altri più antichi, di gusto bizantineggiante, riscoperti nel 1942, come nell'androne esterno una Madonna in trono col Bambino sempre del XV secolo.

La cappella a sinistra di quella Maggiore è particolarmente notevole per la presenza delle Scene della vita di Maria di Lorenzo Lotto, che viveva nelle vicinanze e li eseguì nel 1525. La cappella centrale ha affreschi di Giovan Battista Guarinoni d'Averara (1577), che forse dipinse anche quelli della cappella di destra, mentre la pala d'altare (Madonna col Bambino tra i santi Pietro e Paolo) è di Gian Paolo Lolmo. Sulla parete sinistra della cappella centrale sono tre affreschi di Lucano da Imola detto Gaggio, con le Storie di san Michele Arcangelo.

La chiesa possiede anche una cripta a tre vani, la più antica della bergamasca, con affreschi a partire dal XIII secolo, tra cui uno posteriore (Madonna in trono e santi) attribuito ad Antonio Boselli. Tra gli affreschi si trova anche una delle più antiche raffigurazioni del beato bergamasco Alberto di Villa d'Ogna, morto a Cremona nel 1279; l'affresco sarebbe da attribuire all'anonimo maestro denominato "Maestro di Angera".