Fu aperta al pubblico nel 1616. Il progetto e la supervisione dei lavori fu affidata dai Teatini, ordine religioso titolare dell'annesso convento, all'architetto Antonio Maria Viani, prefetto delle fabbriche ducali gonzaghesche. L'attuale facciata è del 1731. Durante l'occupazione francese la chiesa, precedentemente dedicata ai Santi Maurizio e Margherita, divenne, dal 1808 al 1814, parrocchia militare con il titolo non casuale di San Napoleone. Con il ritorno degli austriaci la chiesa acquistò l'intitolazione a San Maurizio e fu aggregata alla parrocchia di San Barnaba, la cui chiesa omonima si trova nella stessa via Chiassi. Nel 1957, anche in conseguenza dei danni prodotti dai bombardamenti della seconda guerra mondiale, venne chiusa al culto.

L'interno è a navata unica con tre cappelle per ognuno dei due lati e con una cupola ellittica. Ospita importanti quadri e tele secentesche di autori d'indubbio valore come Giuseppe Bazzani, Ludovico Carracci, Jacob Denys, Frans Geffels, Lorenzo Garbieri. Nella prima cappella a sinistra si trova la lapide che copriva la tomba di Giovanni delle Bande Nere, morto a Mantova nel 1526. Qui venne sepolto Vincenzo II Gonzaga (†1627), settimo duca di Mantova.