Secondo la tradizione fu edificata da Carlo Magno nell'ambito del Castello di Berzo, ed è costruita nel luogo di una struttura fortificata, di cui rimangono tratti di muratura lungo il sentiero ed integrati ai successivi edifici.

La chiesa presenta un ricco repertorio di affreschi attribuiti ad autori diversi (tra cui Girardo da Cemmo, Maestro di Berzo Inferiore) che vi lavorarono nel corso del XV secolo. A Giovan Pietro da Cemmo spetta la decorazione della cappella Comunale, datata al 1504 e dedicata ai santi Fabiano, Sebastiano e Rocco dopo una epidemia di peste. Vi sono raffigurati, oltre ai tre santi, alcuni episodi delle loro vite.

La volta del presbiterio è decorata con storie del santo titolare (san Lorenzo) per mano di un artista della prima metà del Quattrocento denominato dagli storici dell'arte Gheroldi e Marazzani "Maestro di Berzo Inferiore" di cui si conserva prezioso polittico al museo Bagatti Valsecchi a Milano. Nella parete laterale del presbiterio si trovano gli affreschi con la storia di san Glisente, secondo la leggenda un valoroso cavaliere al seguito di Carlo Magno che si sarebbe ritirato a vita eremitica sui monti di Berzo Inferiore; egli è inoltre ripetutamente raffigurato nella tradizionale iconografia del santo cavaliere. Sulla parete di fondo si trova una Crocifissione dove compaiono anche i santi Lorenzo e Glisente.

Gli affreschi di San Lorenzo presentano particolare interesse per la presenza, oltre alle consuete raffigurazioni di Gesù, della Madonna e dei Santi, di molteplici riferimenti alla ritualità dei Disciplini ed alla devozione per san Glisente.

Il piccolo edificio, chiamato "Lazzaretto" poiché utilizzato come ospedale durante le epidemie, fu originariamente oratorio dei Disciplini. Contiene infatti la cappella dove i confratelli si riunivano, decorata, sulla parete di fondo, da un semplice affresco con una Flagellazione, cui assistono alcuni Disciplini inginocchiati. L'oratorio fu ricavato, probabilmente nel XV secolo, riutilizzando il perimetro murario di una persistente struttura medioevale. Vi si aggiunse, verso il fianco della chiesa, il piccolo portico dove ancora si leggono le tracce di antichi affreschi quattrocenteschi e cinquecenteschi. A questo ciclo appartiene anche l'affresco della Deposizione di Giovanni Pietro da Cemmo, oggi distaccato e restaurato ed esposto nella cappella del battistero entro la chiesa.