La chiesa nasce dalle ceneri del castello di Yahya, durante la conquista dell'isola, nel 1071, da parte dei Normanni, per mano delle truppe di Ruggero I di Sicilia. Nel 1150 la chiesa divenne un lebbrosario. Da qui il nome di San Giovanni dei Lebbrosi.

La piccola chiesa, che segue i canoni dell'architettura orientale bizantina, è considerata uno degli edifici medievali in stile normanno più antichi della città di Palermo e negli anni assolse a diverse funzioni.

L'esterno dell'edificio si presenta spoglio perché privo di decorazioni, tranne quelle alle finestre. L'ingresso è piuttosto semplice ed è preceduto da un piccolo porticato, che consiste in un'unica colonna, su cui poggia il campanile. L'interno ha forma basilicale divisa in tre parti da pilastri con copertura lignea e presbiterio cupolato. La luce filtra attraverso le finestre ai lati, monofore, di forma leggermente ogivale. Vi si può ammirare un bel crocifisso ligneo dipinto, risalente al Quattrocento.