La chiesa, caratterizzata all'esterno dalle cupole di colore rosso, appoggiata con un fianco ad un corpo quadrato anteriore (forse una moschea), è realizzata a croce latina divisa in campate quadrate su ciascuna delle quali poggia una semisfera. Il presbiterio, terminante in nicchia, è sormontato da una cupola, come quella dei due corpi quadrangolari che la fiancheggiano e di cui quello di sinistra si eleva a campanile. Il chiostro, abbellito da un lussureggiante giardino, è la parte meglio conservata del primitivo monastero; spiccano per bellezza e leggerezza le colonnine binate con capitelli a foglie d'acanto che reggono archi ogivali a doppia ghiera. Vi si trova inoltre una cisterna araba.

Oggi l'edificio presenta una nuda cortina muraria fatta con conci di tufo squadrati; l'interno ha tre absidi semicircolari ed è suddiviso in cinque campate quadrate coperte da cupolette che si raccordano alle pareti tramite nicchie.