La chiesa di San Francesco, nella omonima piazza (XIII - XIV sec.), sorge nel nucleo più antico della Città di Prato ed è un importante luogo di culto cattolico e una delle prime chiese francescane insieme al suo grande convento costruito sul terreno che venne donato dal comune ai frati minori solo otto giorni dopo la canonizzazione del santo, nel 1228.

Il vasto interno, seppure impoverito da un ripristino neomedievale nel 1902-1904, conserva però opere notevoli. Il raffinato monumento sepolcrale di Geminiano Inghirami (1460 circa), con l'austera figura marmorea distesa, attribuibile a Pasquino da Montepulciano, che eseguì anche il piccolo ciborio sulla parete del presbiterio.

Presso un pulpito rinascimentale in pietra serena è collocata una tavola quattrocentesca col Monogramma di Cristo, portata a Prato da san Bernardino, mentre sopra l'altar maggiore è posto un Crocifisso trecentesco in legno policromato, di drammatica espressività, donato dal mercante Francesco Datini, che volle essere sepolto davanti all'altare: nella sua raffinata lastra tombale in marmo bianco (Niccolò di Pietro Lamberti, 1411-12) lo raffigura in un elaborato tabernacolo gotico.

Al centro, isolato, è il monumetale, pacato Crocifisso ai cui piedi la composta Maddalena sembra sostenere la Croce. L'altare in muratura è ornato da un affresco a monocromo con Cristo in pietà tra la Vergine e San Francesco.

Cappella Migliorati

La cappella, a pianta quasi quadrata, è coperta da una bella volta a crociera con costoloni, impostata su pilastri angolari; su questo ambiente fu fondato il campanile a torre, terminato nel 1801, che occupò l'angolo nord-ovest della cappella distruggendo alcune scene che la decoravano. L'ambiente infatti era stato interamente decorato per volontà della famiglia Migliorati (della quale restano gli stemmi nei pilastri angolari) dal fiorentino Niccolò Gerinifra il 1395 e il 1400.

La volta è decorata nei quattro spicchi dalle imponenti figure dei quattro evangelisti, con vesti dai bei panneggi e di vivace cromatismo, risaltanti sul fondo azzurro a stelle d'oro. La scena più grandiosa e solenne del ciclo, purtroppo la più rovinata, occupa la vasta lunetta della parete orientale, di fronte all'ingresso, e raffigura la Crocifissione, o più precisamente una meditazione sul dramma della Passione alla quale partecipano vari santi.

Sulla parete destra sono le storie di San Matteo, su due registri, narrate con cura analitica ed equilibrio, indulgendo ad effetti di eleganza e preziosità che non raggiungono la maestosità della Crocifissione. Sulla parete sinistra, tagliata dal campanile, sono dipinte le storie di Sant'Antonio abate. La parete di ingresso, infine, ha nella lunetta finte nicchie coi santi Chiara d'Assisi, Caterina d'Alessandria e, al centro, Giovanni Battista, ai piedi del quale è l'iscrizione con la firma dell'artista (« NICCHOLO DI PIERO GIERINI DIPINTORE FIORENTINO PINSE QUI CON SUO COLORE » ), mentre a destra sono Bartolomeo e Tommaso d'Aquino.