La costruzione della chiesa conventuale di San Francesco risale al 1304. Al suo interno fu edificata la Cappella Gonzaga che divenne mausoleo dei Signori di Mantova dal 1369 al 1484.

Gli austriaci soppressero la chiesa nel 1782 e la trasformarono in arsenale nel 1811. Dato l'uso militare dell'edificio, lo stesso fu devastato da un bombardamento aereo nel 1944. Fortunosamente la Cappella Gonzaga si salvò e con essa preziosi affreschi del 1300, recentemente restaurati, raffiguranti le storie di San Ludovico d'Angiò.

Conservando lo stile romanico-gotico la chiesa fu comunque ricostruita intorno a quanto si salvò dalla distruzione bellica, la facciata con le tre guglie, il campanile e la Cappella Gonzaga. Ancora visibili alcuni degli affreschi originali, tra cui San Francesco che riceve le stimmate di Stefano da Verona.