La chiesa è parte di un grandioso complesso gotico e si pone come divisione tra il convento posto, rispetto alle navate, a sinistra e l'Ospedale, posto a destra. A collegamento tra le varie strutture sta il lungo portico parallelo alla via, composto da trentasette arcate con decorazioni in cotto; quelle corrispondenti alla chiesa e al convento sono ventisei e rette da colonne. Il sottoportico, tutto voltato a crociera, era completamente decorato dalle storie di San Francesco in "verdeterra" (sorta di grisaglia) lavoro di Francesco Squarcione eseguito tra il 1452 ed il 1466. Il tempo ha deteriorato il ciclo tanto che già alla metà del settecento i frati tennero capitolo per decidere se coprirlo a bianco. Oggi, nel completo degrado, si scorge solo qualche figura. Nel maggio 2014 è principiato il restauro della preziosa decorazione pittorica.