I lavori di costruzione terminarono nel 1265, ma la chiesa non venne affrescata fino ai primi del Trecento. Dal 1400 la chiesa venne arricchita con 5 altari, di cui due realizzati dal Moretto e dal Romanino, in mezzo ai quali sono stati trovati resti di affreschi medioevali raffiguranti il Giudizio Universale e la Pietà. Successivamente vennero ultimati i lavori di abbellimento del presbiterio, e dal 1500, in pieno Rinascimento, venne realizzata nella navata sinistra la cappella dell'Immacolata.

La facciata, di stile romanico-gotico, restaurata nel 1839 da Rodolfo Vantini, è divisa in tre parti tutte in pietra grossa, mentre la parte superiore della facciata è formata da una decorazione in cotto. La sezione centrale è caratterizzata dall'ampio portale, sopra il quale è presente un maestoso rosone, in pietra bianca e vetro.

La chiesa conserva un importante tesoro, non esposto al pubblico, composto da vari oggetti liturgici antichi legati alla storia del monastero. Spicca, all'interno della collezione, la Croce di San Francesco, grande opera di oreficeria di inizio Cinquecento di Giovanni Francesco delle Croci.

Inoltre non è da sottovalutare la presenza di due chiostri , dei quali uno piccolo risalente alla fine del '200 (appartenente ad una precedente costruzione della chiesa) con affreschi di autori che in quel periodo lavoravano per il Duomo Vecchio, e l'altro grande con i capitelli delle colonnine dallo stile composito-medioevale e la struttura degli spazi rinascimentale e un pozzo in pietra veronese decorata al centro del prato quadrangolare.