La prima chiesa venne eretta fra il 1642 e il 1648 per volontà di Fabrizio Dall'Aste. Nel 1650 alla chiesa venne aggiunto anche il convento dei filippini demolito poi nel 1969 per far posto all'attuale scuola elementare Diego Fabbri. Nel 1780 venne messo in atto un restauro della chiesa che le donò l'attuale aspetto. La chiesa ha una facciata molto semplice ed esternamente appare molto più piccola da come si può notare dall'interno, ricco di stucchi e di affreschi.

All'incrocio della navata centrale col transetto si trovano, nei piloni, quattro grandi statue di Luigi Acquisti: L'Umiltà, L'Amore del prossimo, La Carità, Il Disprezzo delle grandezze terrene (1780 circa). La base di un pozzo è situata al centro della navata, anticamente posta all'interno dell'antico Palazzo degli Orsi e riportata alla luce durante gli ultimi restauri di consolidamento avvenuti dopo il 2000, in cui sono stati trovati i dadi da gioco dell'epoca. All'interno, le storie di San Filippo Neri sono di Agostino Mitelli e di Angelo Michele Colonna.