L'originale chiesa conventuale della Santissima Annunziata, detta popolarmente Basilica del Paradiso, sorgeva in posizione extra moenia, a sud della città di Parma: l'edificio venne fatto abbattere da Pier Luigi Farnese nel 1546 per far posto a delle strutture militari. Nel 1547 a Pier Luigi succedette il figlio Ottavio, che dovette però scontrarsi con l'opposizione dell'imperatore Carlo V, di papa Giulio III e dell'aristocrazia parmense: conclusisi i conflitti grazie all'intervento di Enrico II di Francia a fianco del Farnese, nel 1552 Ottavio riuscì a farsi restituire il ducato. Per celebrare l'avvenuta pacificazione, ma soprattutto per accreditarsi un seguito tra i ceti popolari facendo leva sui sentimenti religiosi dei sudditi, il duca ordinò la riedificazione del convento e della chiesa dell'Annunciata.

Il nuovo edificio venne fatto costruire, nella zona di capo di ponte, nell'Oltretorrente, un'area urbana ad insediamento prevalentemente popolare. La chiesa venne fondata il 9 maggio 1566 e la prima pietra venne posta dallo stesso duca il 4 giugno successivo. I lavori vennero affidati all'architetto Giovan Battista Fornovo, allievo del Vignola, col quale aveva collaborato alla costruzione del palazzo voluto dal cardinale Alessandro Farnese a Caprarola.