La chiesa dei SS. Apostoli Filippo e Giacomo fu eretta nel 1007 e amministrata da un sacerdote secolare col titolo di Priore. Nell'800 venne annessa al Seminario e consacrata da Monsignor Giovanni Battista Lambruschini nel 1819 (e ivi sepolto nel 1825).

La chiesa composta di tre navate ha la facciata incompleta, nel suo Oratorio e custodito un pregevole quadro dipinto dall'orvietano Vincenzo Pasqualoni, rappresentante l'Immacolata Concezione con I SS. Apostoli Filippo e Giacomo, titolari della Chiesa.

Il Seminario Vescovile di Orvieto fu eretto da Monsignor Sebastiano Vanzi nel 1566 e fu trasferito in tale chiesa. Un tabernacoletto in pietra nera per Olio Santo datato "MCCCCXLVIIII" proveniente dalla Chiesa dei SS. Apostoli, oggi conservato al Museo dell'Opera, testimonia l'associazione di elementi classici al già italianizzato stile gotico nei suoi partiti architettonici.

I Gesuiti nel 1625 ottennero dal Vescovo la chiesa dei SS. Apostoli Filippo e Giacomo, il cui priorato fu unito alla parrocchia di S.Lorenzo "de' Arari" e con l'acquisto delle case vicine formarono il Collegio e le scuole pubbliche, locali che oggi costituiscono il Seminario, inaugurato dal Vescovo il 16 dicembre 1779.

Gli altari in legno a colonne tortili e fiorite della chiesa dei SS. Apostoli Filippo e Giacomo che, unita al loro Collegio, fu concessa ai Gesuiti, devono essere stati innalzati nel 1625.